Минфин дал четкий ответ 
Разбираем важное уточнение от чиновников о том, как открытие обособленных подразделений влияет на право применять «упрощенку».
Ключевое правило:
Филиал (внесен в ЕГРЮЛ) = НЕТ права на УСН
Обособленное подразделение (не внесено в ЕГРЮЛ) = ДА, можно применять УСН
Что считается филиалом?
Внесен в ЕГРЮЛ
Имеет утвержденное положение
Выполняет функции головной организации
Указан в уставе компании
Что считается обособленным подразделением?
Не внесено в ЕГРЮЛ
Имеет стационарные рабочие места по другому адресу
Работает более 1 месяца
Не является филиалом или представительством
Практический совет.
Если планируете расширение:
Открывайте обособленное подразделение, а не филиал
Не вносите изменения в устав
Не регистрируйте подразделение в ЕГРЮЛ
Создавайте рабочие места по новому адресу
Важно.
Решение о создании именно филиала автоматически лишает права на УСН и ведет к переходу на общую систему налогообложения.
Планируете расширение бизнеса? Продумайте структуру заранее, чтобы не потерять право на упрощенку! 
